A királyi Magyarországon sohasem alakult ki olyan fokú vallási tolerancia, mint az etnikailag heterogén és hosszú önkormányzati hagyományokkal rendelkező Erdélyben. Ugyanakkor azt sem mondhatjuk, hogy Ferdinánd vagy Miksa féktelenül üldözték volna a protestánsokat. Ferdinánd, aki az 1555-ös augsburgi vallásbékét tető alá hozta, olyan reformbarát álláspontot képviselt, amely a trentói zsinat (1545—63) határozataival szemben engedélyezte volna a papi házasságot és a két szín alatti áldozást. Ezzel is magyarázható, hogy az 1561-es esztergomi tartományi zsinaton megjelent 119 katolikus pap közül 62 nős volt, és 44 két szín alatt áldoztatott. Az előkelőbb családok – jelentette Oláh Miklós érsek Trentóba – büszkék rá, ha lányukat egy pap veszi feleségül. Ferdinánd utóda, Miksa kifejezetten rokonszenvezett a lutheránus tanokkal, s csak atyja kérésének engedelmeskedve maradt meg a katolikus hitben és a pápasághoz szorosan kötődő német-római császári cím elnyerése felé vezető úton. A kálvinizmustól viszont viszolygott, az unitárius nézetek ellen pedig kifejezetten küzdött.
A katolikus egyház befolyásának visszaszerzését célzó ellenreformáció a Habsburg Monarchiában a 16. század közepén indult, és a század utolsó harmadában vett nagyobb lendületet. Az 1560-as nagyszombati zsinat elrendelte, hogy minden plébános, illetve minden plébánia kántortanítója köteles a hozzá tartozó hívek kisgyermekeit vallási és erkölcsi ismeretekre, éneklésre, valamint a tovább tanulni vágyó fiúkat olvasásra és írásra tanítani. Ezekre a kisiskolákra épült az öt-vagy hatosztályos gimnáziumok rendszere, amelyet a Nagyszombatban 1561-ben letelepített jezsuiták honosítottak meg. A gimnáziumok törzsanyaga a latin nyelvre alapozott klasszikus műveltség volt, amit intenzív hitoktatással párosítottak. A következő század végén összesen 16 ilyen egységes tantervek szerint és ugyanazokból a tankönyvekből tanító gimnázium működött a királyság és Erdély területén.
Báthory István Elméleti Líceum
A katolikus felsőpapsággal karöltve a jezsuiták törekedtek arra is, hogy a középfokú gimnáziumok mellett a katolikus szellemű felsőoktatás bázisát is megteremtsék. E céltól vezérelve Báthory István erdélyi fejedelem támogatásával 1581-ben Kolozsváron egyetemet alapítottak. Ennek bölcsészeti fakultásán két, az erre épülő teológiai fakultásán pedig négy évig tanultak a diákok. Emellett Budán és Győrött is létrejött olyan főiskola szintű akadémia, amelyen bölcseletet és teológiát oktattak. Igazán meggyökeresedni , és igazi univerzitássá váli azonban egyik intézmény sem tudott. A kolozsvári egyetem azért, mert Báthory Istvánt Erdélyben többnyire protestáns fejedelmek követték és ettől nem függetlenül a jezsuitákat 1603-ban ismét kiutasították a fejedelemségből. A budai és győri akadémiák pedig a török megszállás, illetve fenyegetettség miatt.
Az olykor megfeneklett intézményalapítások ellenére a 17. század végére „mindkét magyar hazában” széles körű és gazdag iskolahálózat alakult ki. Ennek köszönhetően az alsóbb néprétegekből származó gyermekek egyre nagyobb tömegei sajátíthatták el az elemi műveltség alapjait, miközben a közép- és felsőfokú tanulmányok folytatásának lehetőségei is érdemben bővültek.
Forrás: Romsics Ignác: Magyarország története (199—200. oldal) Kossuth Kiadó, 2017 ISBN 978-963-09-9005-9