A kuruc mozgalom és Thököly Imre

A magyar rendiséggel és a protestantizmussal Lipót sem bírt. Az udvar kegyetlenkedései újabb ellenállást váltottak ki. A megürült plébániákra küldött katolikus papok közül a felbőszült hívek többet megöltek, a nemesség lázongott, s a vagyonuktól megfosztott emberek, a földönfutóvá vált katonák, valamint a megalázott és meghurcolt lelkészek közül több ezren a Felső-Tisza vidékén, Erdély határszélén kerestek menedéket. A magukat kurucoknak nevező bujdosók a 19 éves gróf Thököly Imrét, egy felső-magyarországi evangélikus nagybirtokos család sarját választották vezérükké, aki – miután apja részt vett a Wesselényi-féle összeesküvésben, és ezért 3 millió forintra becsült vagyonának javát elkobozták – maga is a császári politika kárvallottjai közé tartozott. Thököly kitűnő hadvezérnek bizonyult. Apafi Mihály erdélyi fejedelemmel (1661—1690) együttműködve és az erdélyi hadak támogatását élvezve 1678—1680-ban Felső-Magyarország jelentős részét elfoglalta, sőt lovasaival időnként még Morvaországba is be-becsapott.

A kibontakozó ellenállást érzékelve 1681-ben Lipót jobbnak látta összehívni az országgyűlést. A soproni diéta ismét törvénybe foglalta a protestáns vallások szabadságát, és lehetővé tette a száműzött prédikátorok hazatérését. Az udvar által támogatott és különböző előnyöket élvező államvallás azonban továbbra is a katolikus maradt. Ez mutatkozott meg abban is, hogy 11 – többségükben ekkor már katolikusok által lakott – dunántúli és észak-magyarországi vármegyében a protestánsok csak két-két helyen építhettek maguknak templomot, iskolát és paplakot. Ezeket hívták artikuláris helyeknek. Bár a nemesség és a protestánsok egy része megbékélt vagy legalábbis lecsendesedett, az elharapózó tüzet többé nem lehetett elfojtani. 1682. július 26-án Thököly fegyverbe szólította az összes felső-magyarországi megyét, s a Portának ígéretet tett a Magyar Királyság meghódítására. Ugyanebben az évben feleségül vette a nála 14 évvel idősebb Zrínyi Ilonát, aki elhunyt férje, I. Rákóczi Ferenc után óriási vagyonnal rendelkezett, s ez jelentős anyagi bázist biztosított a mozgalom számára. Az ismét Bécs ellen készülő szultán felkarolta Thököly tervét, és szeptember 16-án jelentős, évi 40 ezer – a forintnál kisebb értékű – ezüsttallér adó fejében Magyarország királyává nevezte ki. Thököly ettől kezdve Felső-Magyarország fejedelmének címezte magát, és a régió Garamig terjedő részét ténylegesen ellenőrzése alatt tartotta. A kassai és ungvári jezsuita főiskolákat becsukatta, az 1671-ben bezáratott eperjesi evangélikus akadémiát viszont megnyittatta. A Felső-Magyarországi Fejedelemség (törökösen: Orta Madzsar) létrejöttével Magyarország széttagoltsága tovább fokozódott: az addigi három helyett immár négy politikai egységből állt.