A birodalmi kormányszervek mellett némi változásokkal megmaradt, és kisebb-nagyobb zökkenőkkel folyamatosan működött a középkori magyar királyság intézményrendszere. Ennek legfőbb szerve az országgyűlés volt, amely Ferenc Ferdinánd 26 éves uralkodása alatt tizenhatszor, Miksa 12 éves uralkodása alatt pedig hétszer ült össze. Bár a legfontosabb kül- és hadügyi döntések kívül estek az országgyűlés hatáskörén, az adómegajánlási és az ellenállási jog révén a magyar rendek mégis befolyásolni tudták a birodalmi politika alakulását. Az országgyűlés 1601-től felső- és alsóházból, más néven táblából állt. Előbbiben, amelynek létszáma 100 körül mozgott, a báróknak vagy mágnásoknak nevezett főrangúak és főpapok, a 130 fő körüli utóbbiban a vármegyék és a szabad királyi városok küldöttei tanácskoztak.
Mivel tartósan sem Ferdinánd, sem utódai nem időztek magyar területen, elvileg az országgyűlés által megválasztott nádor helyettesítette őket. Ez azonban egyik Habsburg uralkodónak sem felelt meg. Ezért megszervezték a modern kormányokéhoz hasonló funkciókat ellátó Helytartóság intézményét, amelynek vezetőjét és tagjait az uralkodó nevezte ki. A gazdasági ügyek az 1528-ban felállított Magyar Kamarához tartoztak. Az „irodai” munkák ellátására a Magyar Kancellária, amelynek élén hagyományosan az esztergomi érsek állt, aki 1543-tól Nagyszombaton székelt. Az országgyűlés és a magyar kormányszervek ugyanakkor Pozsonyban rendezkedtek be. A magyar főurak Bécsbe viszonylag ritkán jártak. És állandó ottani lakással 1563-ban még csak hárman rendelkeztek közülük.
Európa politikai térképe a 16. század közepén
A Bécsből igazgatott országrész 35 vármegyére tagozódott. Mivel a központi államhatalom a zavaros viszonyok miatt nem nagyon tudott beleszólni a távoli részek alsófokú irányításába, a vármegyék, illetve a vármegyék közgyűlését alkotó nemesség szerepe felértékelődött. Jogszabályokat hoztak, kijelölték az országgyűléseken részt vevő követeiket, döntöttek az adók kivetéséről, stb. A vármegyék élén az uralkodó által kinevezett főispán állt, aki általában a leggazdagabb ottani birtokosok közül került ki. Az érdemi munkát azonban nem ő, hanem a közgyűlés által választott alispán végezte, aki a megye egész tisztikarát irányította. A vármegyei adminisztráció nyelve, ahogy az országgyűlésé és a pozsonyi magyar kormányszerveké is, a latin maradt.
Nem tartoztak a vármegyék joghatósága alá a szabad királyi és bányavárosok, amelyeknek a száma kezdetben közel 20, később valamivel több volt. Ezeknek a 2—3 fős országgyűlési képviselettel rendelkező településeknek az élén a helyi előkelők képviselőiből álló tanács által választott bíró, illetve az ekkortól megjelenő és idővel egyre több helyen a bíró helyébe lépő polgármester állt.
Forrás: Romsics Ignác: Magyarország története (187—188. oldal) Kossuth Kiadó, 2017 ISBN 978-963-09-9005-9