A lutheranizmus elsősorban az erdélyi és a szepességi szászok körében, a felvidéki bányavárosokban és Kassán, Nyugat-Magyarországon, valamint a Temesközben terjedt el. A zömmel magyarok lakta mezővárosok gazdálkodói, tőzsérei és iparosai számára a lutheranizmus „német vallásnak” tűnt, ezért az Alföldön és részben a Dunántúlon is Kálvin tanai váltak népszerűbbé. A kálvinizmus szellemi központjai közül Debrecen emelkedett ki, amelyet ezért „kálvinista Rómának” is neveztek. A két nagy protestáns felekezet mellett Erdélyben és a Partiumban a Szentháromság dogmájának irracionalizmusát és tarthatatlanságát hirdető antitrinitárius , más néven unitárius tanok is gyökeret eresztettek. Bár ezeket a lutheránusok és a kálvinisták is élesen támadták, elterjedésüket nem tudták megakadályozni. A protestánsok és a katolikusok, valamint az egyes protestáns felekezetek között eleinte Erdélyben is viták zajlottak, és az 1568-as tordai országgyűlés határozata, amelyet a vallási türelem és a lelkiismereti szabadság párját
ritkító dokumentumaként szokás idézni, valójában csak a lutheránus és a kálvinista prédikátorok szabad igehirdetését mondta ki. A tolerancia ekkor még sem az unitáriusokra, sem a katolikusokra nem vonatkozott, sőt a katolikus papokat és a jezsuita szerzeteseket időnként kifejezetten üldözték. Igaz viszont, hogy a későbbiekben ez a megkülönböztetés enyhült, és az 1595-ös gyulafehérvári országgyűlés elvileg egyenjogúsította a katolikus és a három protestáns felekezetet. Ezek ettől kezdve egyenlő jogokkal rendelkező ún. bevett vallásnak minősültek. Bár az ortodoxia, amelyhez a románság túlnyomó többsége tartozott, nem minősült bevett vallásnak, üldöztetésben nekik sem volt részük, sőt a katolikus valláson maradt Báthory Istvántól 1574-ben megkapták a püspökválasztás jogát. A görögkeleti papok és a két püspökségbe szervezett ortodox egyházközségek Erdélyben ezt követően zavartalanul működhettek. Az Erdélyi Fejedelemség a 16. század végére így mégiscsak a vallási béke Európában csaknem egyedülálló szigetévé tudott válni.
Az egyes vallások hittételei közötti különbségekkel az egyszerű emberek természetesen nem voltak tisztában. Ők egyszerűen csak úsztak az árral, és az éppen leghitelesebbnek és legmeggyőzőbbnek tűnő prédikátort követték. Különösképpen ez jellemezte a városoktól távoli falvakban és pusztákon élő iskolázatlan embereket, akik egyáltalán nem tudtak eligazodni a felekezeti vitákban, s persze mély hitéletet sem éltek. A bírósági iratok megőrizték, hogy amikor az egyik ilyen egyszerű embert – egy juhászt – a vallásáról kérdezték, az a következő öntudatos választ adta: „Igaz református katolikus vagyok!” És természetesen maradt az ördögökben és démonokban, valamint a varázslásban és a boszorkányságban való hit is.
Forrás: Romsics Ignác: Magyarország története (197—198. oldal) Kossuth Kiadó, 2017 ISBN 978-963-09-9005-9